根据国务院批复的《太湖流域水环境综合治理总体方案》、省政府发布的《江苏省太湖流域水环境综合治理实施方案》和《江苏省太湖蓝藻水藻分离处置及配套能力建设方案》，为认真贯彻落实市委、市政府治理太湖保护水源“6699”行动和环保优先“八大”行动决定，2009年上半年新区按照市政府要求建设了新安藻水分离站，日处理能力为1000吨，于2009年6月底建成并投用。2015年上半年新吴区实施了新安藻水分离站技改扩建项目，2018年更名为新吴区藻水分离中心。

2007年水危机以来，新吴区总计投入约1.5亿元用于蓝藻打捞及处理工作，其中基建投资约6000万元，蓝藻打捞及后续处置运行费约每年750万；累计打捞蓝藻86万吨，相当于从太湖水体中带走蓝藻生物量干重约16000吨、总氮约1300吨、总磷约85吨。确保了锡东水厂水源地多年以来的安全度夏，逐步巩固提升了太湖治理产生的巨大社会、经济效益。